主演：草薙素子:田中敦子 荒卷大輔:大木民夫 戶草:山寺宏一 石川:仲野裕 傀儡師:家弓家正
導演：未知
簡介：2029年，公安九課在市容很像香港的日本城市“新港市”中執行各種秘密任務。九課因為不顧正當程序的自作主張，強硬行事，往往與政府其他部門起沖突，例如負責外交的公安六課就與九課不合。另一方面，九課之中的重要人物，全身是義體的機械生化人草薙素子，對于自己的現狀一直隱隱感到不滿。有一天，公安九課因為一件外國政要的刺殺未遂案而開始追查神秘的黑客“傀儡師”。傀儡師能透過網絡入侵人腦，植入虛擬記憶，再利用記憶被竄改的對象來達成目的。雖然九課的追查沒有成功，藏有傀儡師的“靈魂”的機械生化人卻自行來到九課。公安六課隨后趕來將傀儡師綁走。草薙素子因為在事前就推測出六課的綁架行動而成功攔截傀儡師。這時發現原來傀儡師并不是人類，而是公安六課設計來非法操縱人類的電腦程式“2501計劃”。2501計劃在意外中產生自覺意識，決定逃出六課以求生存，并且要求和草薙素子的靈魂“融合”以求進一步發展。草薙素子最后在同事巴特的協助與掩護下完成融合并且脫離政府掌握，下落不明，其意識與整個網絡融合。